Ситуация в очередной раз повторяется: Мегамен уничтожил всех созданных доктором Вайли роботов, разрушил его вновь отстроенный замок, а сам Вайли бежал. На этот раз зловещий доктор не ограничился лишь созданием новых восьми роботов, также он подверг реконструкции и ремонту ранее уничтоженных.
В этой игре появляется ранее известный робот Proto Man (Он же Break Man), но его цели неизвестны. Его появление сопровождается свистом, он появляется на 4-ёх уровнях: Shadow Man, Magnet Man и Hard Man. Он появляется и сражается с вами, уничтожить его нельзя, он уйдёт сам, а в Gemini Man помогает вам проникнуть. А в конце игры спасает вас.
Currently, Maddoxx RetroGames has 9,273 views for Mega Man 3 across 1 video. There's close to an hours worth of content for Mega Man 3 published on his channel, less than 0.65% of the total video content that Maddoxx RetroGames has uploaded to YouTube.