Das Spiel spielt mehrere Jahrhunderte nach den Ereignissen der ersten drei Mass-Effect-Spiele in der Andromedagalaxie. Der Handlungsstrang beginnt während der Geschehnisse von Mass Effect 2, der Verlauf trennt sich jedoch von den Ereignissen des dritten Teils. Die Spieler können erneut zwischen einem Mann oder einer Frau als Spielfigur entscheiden, bei denen es sich um Geschwister handelt. Sie sind die Kinder von Alec Ryder, einem N7-Soldaten und designierten Pathfinder, dessen Aufgabe es ist, neue Planeten für die Menschheit zu finden, um sie zu kolonisieren. Dafür stehen dem Spieler eine offene Welt und das Raumschiff Tempest zur Verfügung.
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