Der abtrünnige Wissenschaftler Dr. Ivo Robotnik hat auf dem aktiven Vulkan Mt. Mobius seine neue Festung gebaut, um die Naturgewalten und das Magma für seine Zwecke nutzen zu können. Die Vulkanaktivitäten kontrolliert und reguliert er dabei mit Hilfe der Chaos Emeralds. Sonic und Tails fliegen mit dem Doppeldecker Tornado auf die Festung zu, werden jedoch von Dr. Robotniks Laser-Abwehrstrahlen getroffen und stürzen ab. Sonic kann sich zum Abwasserbereich der Festung retten und beginnt, diese zu infiltrieren.
Nachdem Sonic die Chaos Emeralds eingesammelt hat, setzt er damit die Naturgewalten frei, um die Festung zu zerstören. Außerdem wird Dr. Robotnik in seinem Fluchtvehikel aufgehalten. Tails kann mit einem gekonnten Flugmanöver Sonic wieder in die Tornado aufnehmen und so der Zerstörung entkommen.
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