События игры происходят между второй и первой частью серии, а сама игра является заключительной частью трилогии на NES. Игрок управляет персонажем Рю Хаябусой (англ. Ryu Hayabusa), который обвинён в убийстве Ирен Лью, и расследует обстоятельства её смерти. В конечном счёте он раскрывает план агента ЦРУ Фостера и другого человека Кленси, которые хотят использовать меж пространственный разрыв для создания и управления расой суперлюдей мутантов. Рю необходимо сражаться с мутантами, которые называются бионоиды. По сравнению с второй частью игры произошли изменения в геймплее. Рю может висеть на горизонтальных поверхностях, у него была уменьшена скорость падения, изменены способности прыжков, бонусы на сферах являются видимыми[1]. Также Рю необходимо сразиться со своим клоном и с человеком по имени Клэнси (англ. H.P. Clancy), который командует военным кораблём. Клэнси мутировал, он предложил Рю создать новый мир, но Рю отказался и уничтожил Клэнси[5].
5